Akademi Farmasi Mahadhika didirikan pada tahun 1996 dengan Badan Pendiri, yaitu Yayasan Adhiluhur Mahadhika. Tujuan berdirinya AKFAR Mahadhika, antara lain adalah turut berperan serta dalam membantu pemerintah meningkatkan kesejahteraan masayarakat dan mencerdaskan kehidupan bangsa, yang merupakan salah satu tujuan nasional yang tercantum dalam pembukaan UUD 1945.
AKFAR Mahadhika awalnya berdiri sebagai Akademi Analis Farmasi dan Makanan (AKAFARMA) Mahadhika dengan dibina oleh Departemen Kesehatan Republik Indonesia (Depkes RI). Akan tetapi, pada tahun 2007, AKAFARMA Mahadhika mengalami alih bina dari Departemen Kesehatan ke Departemen Pendidikan Nasional sesuai dengan keputusan Menteri Pendidikan Nasional No. 175/D/O/2007, yang berisi tentang
Pemberian Ijin Pengalihan Pembinaan AKAFARMA Mahadhika di Jakarta dari Departemen Kesehatan ke Departemen Pendidikan Nasional, Diselenggarakan oleh Yayasan Mahadhika di Jakarta.
Semakin berkembangnya ilmu pengetahun di bidang farmasai dan tuntutan masyarakat yang semakin kritis atas data serta informasi kesehatan, maka tenaga ahli madya farmasi harus mengikuti perkembangan yang terjadi di masyarakat. Pengembangan pendidikan tenaga ahli madya farmasi merupakan bagian integral dari program pengembangan tenaga kesehatan pada umumnya. Pendidikan tenaga ahli madya farmasi ditujujan untuk mendidik para mahasiswa menjadi tenaga kesehatan yang terampil dan ahli sehingga dapat melaksanakan tugas secara optimal, baik secara mandiri maupun bekerja sama.
Tenaga ahli madya farmasi dalam hubungannya dengan upaya kesehatan merupakan tenaga profesional dalam bidang pengelolaan data dan informasi kesehatan yang lengkap, akurat, dan tepat waktu guna perencanaan dan pengambilan keputusan upaya kesehatan. Untuk memenuhi tuntutan tersebut, maka AKAFARMA Mahadhika berubah menjadi AKFAR Mahadhika, pada tahun 2010. Tenaga ahli madya pada AKFAR mahadhika lebih diarahkan ke arah pendidikan di bidang ke-farmasian, dibandingkan ke arah analisa makanan, sehingga diharapkan lulusan AKFAR Mahadhika dapat mengelola data dan informasi kesehatan yang dibutuhkan masyarakat. Hal ini dikarenakan informasi kesehatan tidak mungkin dapat diproduksi, disebarluaskan dan dimanfaatkan secara tepat dan akurat bila pengelolaanya tidak diselenggarakan dengan baik dalam kondisi cukup, jenis, jumlah dan mutu tenaga pengelola, disamping kelengkapan dan perlengkapan yang memadai.
Pada awal pelaksanaan Program DIII Farmasi, proses belajar dijalankan dengan berpedoman pada kurikulum tahun 1997 dengan beban studi 110 satuan kredit semester (110 SKS). Adanya pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi di bidang kesehatan menuntut dilakukan penyesuaian kurikulum tahun 1997 yang sudah digunakan hampir 5 tahun. Kurikulum pendidikan tahun 1997 mengalami penyempurnaan dengan menambah beban studi untuk proses belajar teori dan mengurangi beban studi dengan menambah beban studi untuk proses belajar praktek dengan komposisi teori 70% dan praktek 30% dengan total keseluruhan beban studi menjadi 110 SKS.
Pada tahun 2000 Menteri Pendidikan Nasional RI mengeluarkan Surat Keputusan Nomor 232/U/2000 tentang Pedoman Penyusunan Kurikulum Pendidikan Tinggi dan Penilaian Hasil Belajar Mahasiswa yang pada intinya mengarahkan pendidikan tinggi kepada tatanan baru. Berlakunya Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Tersebut, mengakibatkan perlu dilakukannya penyesuaian terhadap kurikulum pendidikan Diploma III Farmasi terutama peda pengelompokkan mata kuliah menjadi 5 (lima) kelompok yaitu:
- Mata Kuliah Pengembangan Kepribadian (MKPK)
- Mata Kuliah keilmuan dan Keterampilan (MKKK)
- Mata Kuliah Keahlian Berkarya (MKKB)
- Mata Kuliah Perilaku Berkarya (MKPB)
- Mata Kuliah Berkehidupan Bermasyarakat (MKBB)